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혹시 이런 상황이신가요?
장기보유특별공제 개정 소식을 들었는데, 내 집이 유리해지는 건지 불리해지는 건지 감이 잡히지 않으신다면 이 글을 끝까지 읽어보세요. 2026년 세제개편안에서 장기보유특별공제는 사실상 완전히 새로 설계됐습니다. 바뀐 내용을 모르고 매도 시점을 잘못 잡으면, 수천만 원 단위의 공제를 날릴 수도 있습니다.
한 문장으로 먼저 이해하기
지금까지는 “오래 가지고 있으면” 공제를 줬습니다.
2028년부터는 “오래 살아야” 공제를 줍니다.
이게 전부입니다. 나머지는 이 원칙의 세부 조건입니다.
제도 자체가 두 개로 쪼개진다
지금은 토지·건물·주택·조합원입주권을 모두 “장기보유특별공제” 하나로 처리합니다. 개편 이후에는 이 제도가 둘로 나뉩니다.
| 새 이름 | 적용 대상 |
|---|---|
| 장기거주 소득공제 | 주택, 관리처분계획인가 전 주택인 조합원입주권 |
| 장기보유 소득공제 | 토지, 주택 외 건물, 관리처분계획인가 전 주택 외 건물·토지인 조합원입주권 |
쉽게 말씀드리면, 주택만 따로 떼어내 거주 기준으로 관리하겠다는 뜻입니다. 토지나 상가는 기존 보유 공제 구조를 유지합니다.
이름이 바뀌었다는 건 계산 논리가 바뀌었다는 신호입니다. 2028년 1월 1일 이후 양도분부터 적용됩니다.
1세대 1주택자: 3년에 걸쳐 공제가 이동한다
1주택자의 공제율은 단계적으로 바뀝니다. 지금 당장 확인이 필요한 표입니다.
| 양도 시점 | 거주 공제 | 보유 공제 | 합계 최대 |
|---|---|---|---|
| ~2027년 12월 31일 (현행) | 연 4%, 최대 40% | 연 4%, 최대 40% | 80% |
| 2028년 1월 1일~12월 31일 | 연 6%, 최대 60% | 연 2%, 최대 20% | 80% |
| 2029년 1월 1일 이후 | 연 8%, 최대 80% | 없음 | 80% |
최대 공제율 80%는 그대로입니다. 달라지는 건 그 80%에 도달하는 방법입니다.
- 지금: 10년 보유(40%) + 10년 거주(40%) = 80%
- 2029년 이후: 10년 거주만으로도 80%, 거주가 없으면 0%
실거주자에게는 오히려 유리해집니다. 10년 거주한 1주택자라면 보유 기간과 무관하게 80%를 채울 수 있습니다. 반면 전세를 끼고 사둔 채 거주하지 않은 1주택자는 2029년 이후 장기 공제가 통째로 사라집니다.
소득세법 제95조 제3항, 시행령 제160조에 따라 1세대 1주택 고가주택(소득세법 제89조에 따라 양도가액 12억 원 초과분)의 양도차익 및 공제액 계산 방식은 개편 후에도 동일하게 유지됩니다.
다주택자: 살지 않은 집은 2029년부터 공제 0원
다주택자 쪽은 변화의 폭이 더 큽니다.
| 양도 시점 | 적용 방식 |
|---|---|
| ~2027년 12월 31일 (현행) | 보유 연 2%, 최대 30% |
| 2028년 | 거주 공제(연 2%, 최대 30%)와 보유 공제(연 1%, 최대 15%) 중 높은 쪽 |
| 2029년 이후 | 거주 공제만 (연 2%, 최대 30%) |
거주 공제는 2년 이상 거주한 경우에만 적용됩니다. 2029년 이후 살아본 적 없는 임대용 주택을 팔면, 30년을 보유했더라도 장기보유 공제는 한 푼도 없습니다.
지금까지 없던 것 — 공제 금액 한도 신설
공제율 표만 보면 “1주택 실거주자는 나쁘지 않네”라고 생각하기 쉽습니다. 그런데 이번 개편에서 지금까지 없던 조항이 하나 추가됩니다. 바로 공제 금액 상한(한도) 신설입니다.
| 구분 | 2028년 | 2029년 이후 |
|---|---|---|
| 인별 연간 한도 | 20억 원 | 10억 원 |
| 양도 물건별 한도 | 20억 원 | 10억 원 |
두 한도는 각각 별개로 적용됩니다. 공동소유이거나 시점을 나눠 분할양도하는 경우에는 지분 비율·분할양도 비율에 따라 안분됩니다. 즉, 시기를 쪼개 파는 방식으로 한도를 늘리는 것은 막혀 있습니다.
한도가 걸리는 건 양도차익 자체가 아니라 공제받는 금액입니다. 공제율 80%를 모두 채운 1세대 1주택자라도, 2029년 이후라면 공제액이 10억 원을 넘어가는 순간부터 초과분은 잘려나갑니다. 서울 주요 지역의 초고가 아파트, 장기 보유 중인 재건축 물건이 정확히 이 구간에 들어올 수 있습니다.
부부 공동명의 주택의 경우 인별 한도가 각자 적용되므로, 단독명의와 유불리를 비교하는 계산이 필요합니다. 이 부분은 개별 사례마다 다르게 나오기 때문에 직접 확인이 필요합니다.
못 살았어도 거주로 인정해주는 예외들
거주 중심으로 바뀌면서 억울한 경우를 막기 위한 예외도 함께 만들어졌습니다.
① 부득이한 사유로 이사한 경우 (최장 3년 인정)
이사하던 날 기준으로 그 집에 1년 이상 계속 거주 중이었고, 다른 시·군·구로 이사한 경우라면 보유 기간을 거주 기간으로 인정합니다.
인정되는 사유:
– 고등학교·대학교 취학
– 직장 변경, 전근 등 근무상 형편
– 1년 이상 치료·요양이 필요한 질병
– 취학·근무로 인한 해외 출국
– 60세 이상 직계존속 동거봉양 합가
소득세법 시행령 제154조 제1항 제3호에 따라 1년 이상 거주한 주택을 취학, 근무상의 형편, 질병 요양 등 부득이한 사유로 양도하는 경우를 기존에도 예외로 두었는데, 이번 개편에서도 비슷한 취지의 예외가 적용됩니다.
② 특례주택을 함께 보유한 기간
인구감소 지역 주택, 농어촌·고향주택, 지방 저가주택, 소형 신축주택(전용 60㎡ 이하), 준공 후 미분양 주택을 기존 주택과 함께 보유한 기간은 거주 기간으로 인정합니다. 지방 세컨드홈을 취득했다가 본집 공제가 줄어드는 상황을 막겠다는 취지입니다.
③ 등록임대주택 임대 기간
중과배제 대상 등록임대주택(조정대상지역 매입임대 아파트는 제외)의 임대 기간은 거주 기간으로 인정해 연 2%, 최대 30%의 거주 공제율이 적용됩니다.
④ 재개발·재건축 공사 기간의 50%
관리처분계획인가일 현재 1년 이상 계속 거주 중이던 주택이라면, 인가일부터 신축주택 입주가능일까지의 공사 기간 중 절반을 거주 기간으로 인정합니다. 1주택자라면 연 8%(최대 80%), 그 외는 연 2%(최대 30%)가 적용됩니다.
중요한 단서: 이 예외 규정들은 전부 공제율 산정에만 적용됩니다. 1세대 1주택 비과세 요건이나, 취득 당시 조정대상지역 소재 주택의 2년 거주 요건 판단에는 적용되지 않습니다. 혼동하면 계산이 통째로 틀어집니다.
용도변경 후 양도도 막혔다
주택을 상가 등으로 용도변경한 뒤 파는 방식도 이번에 정리됐습니다. 용도변경 후 양도 시 공제 대상 보유 기간은 주택으로 보유한 기간 중 실제 거주한 기간 + 주택 외로 보유한 기간으로 계산합니다. 살지 않은 주택 보유 기간이 용도변경으로 공제 기간으로 되살아나지 않습니다.
같이 발표된 당근 두 가지
장기거주 1주택 양도소득 기본공제 확대
10년 이상 거주한 양도가액 30억 원 이하의 1세대 1주택을 팔면, 소득세법 제103조에 따른 기본공제가 연 250만 원에서 2,500만 원으로 올라갑니다(2027년 1월 1일 이후 양도분). 특수관계인 간 양도와 비거주자는 제외되고, 부부 공동명의는 각각 적용됩니다.
고령 1주택자 지방 이주 시 한시 감면
만 65세 이상이고, 수도권에서 2년 계속 거주 중이며 보유 기간 중 총 5년 이상 거주한 1주택을 팔고 6개월 내 비수도권으로 이주하면 2027년에는 50%(5억 원 한도), 2028년에는 30%(3억 원 한도)를 감면합니다. 다만 5년 내 수도권 재취득·재이주 시 감면세액에 이자까지 붙여 반납해야 하는 사후관리 조건이 붙습니다.
타임라인 한눈에 보기
| 시점 | 주요 변화 |
|---|---|
| ~2027년 12월 31일 | 현행 공제율 유지 / 다주택자 중과세율 한시 완화 |
| 2028년 1월 1일~ | 1주택: 거주 6%+보유 2% / 다주택: 거주·보유 중 높은 것 / 공제한도 20억 원 |
| 2029년 1월 1일~ | 1주택: 거주 8%만 / 다주택: 거주 2%만 / 공제한도 10억 원 |
| 2027년 1월 1일~ | 장기거주 1주택 기본공제 2,500만 원 |
| 2027~2028년 | 고령 1주택자 지방이주 한시 감면 |
★ 자가진단 체크리스트
아래 항목을 확인해 보세요. 나에게 해당하는 항목이 몇 개인지 세어보십시오.
- [ ] 현재 보유 중인 주택에 실제로 2년 이상 거주했다 (주민등록 전입·전출 기록 기준)
- [ ] 2028년 이전에 매도할 계획이다
- [ ] 보유 주택이 1채이며 양도가액이 12억 원을 초과하는 고가주택이다
- [ ] 취학·근무·질병 등의 사유로 다른 시·군·구로 이사한 이력이 있고, 이사 당시 해당 주택에 1년 이상 계속 거주 중이었다
- [ ] 재건축·재개발 구역 주택이며, 관리처분계획인가일 현재 1년 이상 계속 거주 중이었다
- [ ] 부부 공동명의로 보유 중이며 양도 시 공제한도 적용 여부를 확인한 적이 없다
3개 이상 해당되면 2028년 이전 양도 시점 조율 또는 공제 계산 검토가 필요한 대상입니다. 특히 거주 기간이 짧거나 공제한도에 걸릴 가능성이 있다면 구체적인 절세 시뮬레이션을 미리 해두는 것이 좋습니다.
★ 이런 경우엔 서두르지 않는 게 낫습니다
- 실거주 기간이 2년 미만이면서 2028년 이후까지 거주를 늘릴 수 있는 경우: 무리하게 2027년 안에 팔기보다, 거주 기간을 채운 뒤 2029년 이후 최대 공제율 80%를 적용받는 편이 유리할 수 있습니다.
- 양도차익 규모가 작아 공제한도(10억 원)에 걸리지 않는 경우: 공제한도보다 세율·보유 기간에 따른 일반 계산이 더 중요합니다. 서둘러 팔다가 비과세 요건을 놓치는 실수를 하지 마세요.
- 다주택자이지만 거주 이력이 있는 주택을 보유한 경우: 먼저 거주 이력이 없는 주택부터 매도 순서를 검토하는 것이 일반적으로 유리합니다.
지금 바로 팔기보다 낫다면, 대신 이걸 먼저 점검해 보세요 → 주민등록 전입·전출 이력과 실거주 기간을 정확히 확인하고, 2028·2029년 시점별 세금 차이를 시뮬레이션해 두는 것입니다.
가상 사례 시나리오
사례: 2010년에 취득한 아파트를 가진 김 대표님
김 대표님(60세)은 2010년에 취득한 아파트를 보유 중입니다. 취득 후 4년은 직접 거주했고, 이후 자녀 취학 문제로 이사해 6년간 전세를 내줬습니다. 현재는 다시 입주해 2년째 거주 중입니다.
2027년 말 이전 매도 시(현행 적용):
소득세법 제95조 제2항 표 2에 따라 보유 공제와 거주 공제를 합산해 적용합니다. 보유 기간 약 15년, 거주 기간 6년을 기준으로 각 공제율이 계산됩니다.
2029년 이후 매도 시(개정 적용):
거주 공제만 적용됩니다. 자녀 취학 이사 당시 요건(이사 시 1년 이상 거주 + 타 시·군·구 이전)을 충족한다면 이사 기간 일부를 거주 기간으로 인정받을 수 있습니다. 인정 거주 기간에 따라 공제율이 달라지므로 정확한 확인이 필요합니다.
매도 시점 하나로 공제율이 수십 퍼센트 차이가 날 수 있는 상황입니다. “지금 팔까, 좀 더 기다릴까”는 단순히 시장 가격만의 문제가 아닙니다.
자주 묻는 질문
마무리
이번 장기보유특별공제 개정은 단순히 공제율 숫자가 바뀌는 게 아닙니다. 계산의 뼈대 자체가 “보유” 중심에서 “거주” 중심으로 이동하는 구조적 변화입니다. 2028년 이후 매도를 고려하고 계시다면 지금부터 거주 기간 확인과 시점별 세금 시뮬레이션을 준비해두는 것이 중요합니다.
내 경우에 유리한 매도 시점이 언제인지, 공제한도에 걸리는지, 부부 공동명의가 나은지 — 이런 질문들은 개별 수치를 직접 계산해봐야 답이 나옵니다. 양도소득세 상담 신청을 통해 편하게 문의해 주시면, 대표님 상황에 맞는 구체적인 검토를 도와드리겠습니다.
본 글은 일반적인 세법 정보이며 개별 사안은 세무 전문가와 상담이 필요합니다. (기준: 2026-07-01 현행 법령 및 2026년 세제개편안 정부안 기준)